水产研究所主要承担水产新品种选育、渔业资源调查与评价、土著鱼类保护与开发、良种引进与繁育、新型养殖模式及配套养殖技术等方面的研究与示范应用工作。承担国家大宗淡水鱼产业技术体系杭州综合试验站、国家级浙江杭州三角鲂原种场、浙江杭州省级杂交鳢“杭鳢1号”良种场、杭州市级钱塘江土著鱼类种质资源场职责。为国家渔业科技创新联盟、国家大水面生态渔业科技创新联盟、中国稻田综合种养产业技术创新战略联盟成员单位。

水产研究所地处钱塘江畔，占地11.13公顷，水源优良、交通便利、设施设备配套完善。场区建有高标准养殖池塘6.5公顷，多功能温控温室3400㎡，苗种产卵孵化室500㎡、配备高位池、产卵池、孵化缸、孵化环道等，室内设施循环水养殖系统1套、300㎡，试验、保种温室2栋、600㎡，室外试验养殖池150㎡，观赏展示池300㎡，水、电、气配套设施设备完善；实验办公楼1000㎡，建有种质检测、营养检测、微生物检测、水质检测、显微摄影、组织切片等实验室，相关仪器设备配备完善。

水产研究所自建院以来一直从事淡水渔业领域的研究、示范与技术服务工作，主要围绕钱塘江土著鱼类的保护与开发，在苗种繁育、种质创新、新型养殖构建、渔业资源调查与评价等方面开展工作。育成国家级水产新品种“杂交鳢‘杭鳢1号’”；编制水产行业标准3项、浙江省地方标准6项；授权专利20余项，软件著作权7件；发表论文200余篇，其中SCI论文25篇；获浙江省科技进步奖二等奖1项，神农中华农业科技奖一等奖1项，上海市科进步奖二等奖1项，市科技进步二等奖1项、三等奖2项，市农业丰收一等奖2项、二等奖1项，中国商业联合会科学技术奖二等奖1项、三等奖1项，论文及调研成果奖9项。