水产研究所主要承担渔业资源开发利用、水产新品种引进和培育、水产品安全、生态养殖技术研究，开展水产病害预测预报。

水产研究所占地面积11.13公顷，环境优美，设施齐全，建设标准国内一流。为国家级钱塘江三角鲂原种场、浙江省杂交鳢‘杭鳢1号’良种场。下设水产养殖研究室、育种研究室和水产病害研究室。建有实验准备室、组织切片室、营养实验室、种质实验室、微生物实验室、无菌操作室等等；配备高标准试验池塘面积6.5公顷，温室3400㎡，孵化室200㎡及孵化环道、小型水泥池等。2006年与上海水产大学共建“杭州水产科技研发中心”，进一步加强了水产所的科研能力。2011年作为杭州综合试验站加入国家大宗淡水鱼产业技术体系，并承担相关科研示范任务；2011年加入省淡水养殖创新团队，2012年加入省养殖设施创新团队、省育种协作组核心成员。

水产研究所自建所以来一直在淡水养殖领域进行全方位的开拓性研究，主要研究方向为淡水鱼类人工繁养殖、水产新品种引进和培育、水产品安全、生态养殖技术研究，并承担渔业资源开发利用、开展水产病害预测预报。建院以来，通过这几年的保种、种质研究、人工良种繁育、科研开发和示范推广养殖，取得了明显的社会、经济和生态效益，为服务“三农”做出了较大的贡献，成效显著。其中育成国家级鱼类新品种1个，“杂交鳢‘杭鳢1号’”新品种培育及养殖技术研究与产业化”获市科技进步一等奖、省科技进步二等奖，另外其他成果获市科技进步二等奖1项、三等奖2项；市农业丰收一等奖2项、二等奖1项，论文及调研成果等奖9项。制定各类地方标准10余项。