蔬菜研究所为杭州市蔬菜科学研究所与杭州市菌种站合并成立，下设蔬菜研究室、食用菌菌种站、蔬菜良种推广站等3个科室，有杭州三叶蔬菜种苗公司、国家食用菌产业技术体系杭州综合试验站、杭州市珍稀食用菌科技创新服务平台。现有科技人员18人，其中高级11人、中级5人、硕博士8人，列入浙江省151人才培养工程2人、杭州市131人才培养工程5人。研究所主要开展茄果类蔬菜育种、设施蔬菜栽培、山地蔬菜栽培技术研究，以及食（药）用菌种质资源开发、良种繁育和农业废弃物资源化循环利用技术研究。

2004年以来，共主持承担国家、省、市各类科技项目90余项，获省、市科技成果奖励13项，获得专利4项，发表专业论文150余篇。育成 “杭茄”系列茄子，“采风”、“千丽”系列辣椒，“杭杂”系列番茄，有10个蔬菜品种通过浙江省农作物品种审（认）定，初步形成育、繁、推一体化的茄果类育种创新体系，年推广自育良种10万亩次以上，深受菜农喜爱；在珍稀食（药）用菌种质资源保藏与开发利用、农业废弃物资源化循环利用研究应用等方面走在全省前列，年推广各类食用菌3000万袋以上。