园艺研究所下设花卉研究室和果树研究室，现有科技人员10人，其中高级职称5人、中级5人、博士1人、硕士6人。主要研究方向：（1）热带兰（蝴蝶兰、大惠兰、杂交兰等）和草花（一串红、三色堇、矮牵牛、孔雀草等）新品种引进、选育，及其设施栽培技术研究与推广；（2）名、特、优水果新品种（水蜜桃、猕猴桃、蓝莓、樱桃等）的引进和筛选研究，杭州主栽水果种类的优质、高效栽培技术的创新研究和推广，以及特色水果（蓝莓、红心猕猴桃、樱桃）种质资源收集与选育研究。

园艺研究所现有试验基地40亩，其中配套设施齐全的现代化温室5000平方米，玻璃温室400平方米，普通大棚20亩；有一整套的籽播花卉工厂化育苗生产线；现有杭州水蜜桃良种苗木繁育、红心猕猴桃优质、高效栽培技术研究和蜜梨生态种植模式研究等3个水果科研与示范基地。先后完成国家、省、市重点课题20余项，包括“大花惠兰生产发育规律及工厂化栽培技术研究”、“高档花卉卡特兰引种及产业化栽培技术研究”、“大花惠兰和卡特兰产业化关键技术研究与应用”、“草花新品种选育”、“红心猕猴桃新品种引进及优质栽培技术研究”、“杭州水蜜桃良种苗木繁育基地建设”、“梨园种草养羊生态种植模式研究”等。其中“大花惠兰和卡特兰产业化关键技术研究与应用”项目获2009年杭州市科级进步一等奖；通过草花育种，成功选育出省内首个一串红新品种‘神州红’，该品种在2008年12月通过浙江省非主要农作物品种认定委员会的认定。