畜牧研究所主要承担畜禽遗传种质资源的保护和开发利用，饲料资源、饲料添加剂技术开发与应用，安全生态养殖技术以及动物疾病防治技术的研究与示范推广。实验室设施完备，能满足动物品质指标检测、分子生物学及饲料营养学分析研究；并建有多个新品种新技术试验点和示范基地。现有在编科技人员7人，其中正高级1人、高级3人、中级3人；博士2人、硕士5人；杭州市“131”人才第一层次1人、第三层次3人。

近年来，在地方猪（鸡）品种资源的保护与开发、优质家禽品种（品系）选育、畜禽生态养殖模式研究与应用、猪（鸡）标准化生产技术等领域，畜牧所已取得多项科技成果，新技术示范推广、产业化成效显著。先后主持或参加国家、省、市各级各类科研项目近30项，发表省级以上刊物论文70余篇（第一作者单位），获得授权国家发明专利11项（第一完成单位）。其中，参与实施“优质鸡新配套系培育及健康养殖技术研究与示范”项目，2014年度获得浙江省科学技术进步二等奖（第二完成单位）；主持完成“淳安花猪种质资源保护和开发利用”项目，有效促进浙江省地方猪种“淳安花猪”的产业发展，2017年度分获省科学技术进步三等奖和市科技进步二等奖。此外，“畜禽排泄物资源化生态循环利用技术示范推广”等项目先后获得杭州市农业丰收一等奖1项、二等奖和三等奖各2项。